Původní zlínský kostel byl postaven v letech 1390 až 1420. Kolem kostela býval nejstarší zlínský hřbitov, na kterém se pochovávalo až do poloviny 18. století. Tehdy funkci hlavního hřbitova převzal hřbitov poblíž Kudlovského potoka. Malý zlínský kostel během svého trvání prodělal mnoho oprav. V druhé polovině 16. století byl rozšířen, z původního kostela zůstala jen gotická klenba v presbytáři. Kostelní věž byla zvýšena, stála vedle kostela, s kterým byla spojena malým klenutým obloukem. Ve věži byly tři zvony.
K podstatným změnám došlo na počátku 19. století. V roce 1800 začala jeho zásadní přestavba. Došlo ke změně jeho orientace otočením ze směru východ - západ do dnešního směru severojižního a k rozšíření chrámové lodi. Tím se věž dostala do středu předního průčelí chrámu, jak je tomu dnes. Přestavba byla dokončena v roce 1807, kdy byl kostel konečně posvěcen.
Při velkém požáru ve Zlíně 19. července 1819 kromě domů na náměstí vyhořel i kostel a farní budova s tehdejšími hospodářskými staveními. Než se provedlo nouzové zastřešení, sloužily se mše svaté jen za pěkného počasí venku na náměstí před sochou sv. Floriána. Místo zvonění se ráno bubnovalo.
Až do roku 1827 byl kostel opatřen jen nouzovou dřevěnou střechou. Oprava kostela byla ukončena až v roce 1830. Kostelní věž z roku 1566 (nejstarší stavební část nynějšího kostela) byla zvýšena a nově pokryta. V interiéru byly přestavěny tři oltáře, kazatelna a křtitelnice, opraveny byly i staré varhany. V roce 1834 byly na věži kostela pořízeny hodiny. Za dalšího velkého požáru města v roce 1849 shořela celá střecha kostela, poškozeny byly zvony, hodiny, fara i hospodářské budovy. Věřící se znovu pustili do obnovy poškozeného kostela. Byly pořízeny tři nové zvony a interiér kostela dostával postupně novou podobu.