Po nuceném vysídlení německého obyvatelstva na konci druhé světové války přestal být kostel udržován a postupně chátral. Po následném začlenění vsi do nově vzniklého Vojenského újezdu Hradiště na počátku padesátých let 20. století byl kostel zabaven církvi a přešel do vlastnictví armády. Vnitřní zařízení kostela původně tvořil pozdně barokní a rokokový mobiliář. Kolem středového obrazu bývaly zavěšeny medailony s vyobrazením 14 sv. pomocníků.  Část inventáře kostela byla tehdy převezena na faru v Lukách. Sochy sv. Václava a sv. Prokopa byly umístěny v interiéru farního kostela sv.Vavřince v Lukách. Hodnotná dřevěná pozdně gotická socha poutní Panny Marie byla postavena na oltáři, odkud však byla roku 1991 ukradena a následně prodána do SRN. Naštěstí byla vrácena, restaurována a dnes je v Diecézním muzeu v Plzni. Po zrušení přilehlého hřbitova byly náhrobní kameny využity jako stavební materiál, například jako schody k jednomu z místních domů. 

Kostel nebyl zbořen, protože jej armáda používala jako muniční sklad, z toho důvodu průběžně opravovala i jeho střechu.

Ze vsi Lochotín zůstalo šest opuštěných domů.

V roce 1991 se zdevastovaného kostela ujal Klub přátel Doupovských hor, který vyklidil interiér kostela. Roku 1992 v kostele sdružení uspořádalo hudební večer, hrálo se zde i divadlo. Tyto akce však brzy přestaly a kostel začal opět chátrat. Dne 4. září 2000 zahájilo Ministerstvo kultury ČR jednání o prohlášení bývalého kostela za kulturní památku. Na jaře roku 2004 byla v rámci natáčení dokumentárního filmu částečně opravena střecha věže.

zdroj : znicenekostely.cz      pamatkyaprirodakarlovarska.cz