První záznam je z roku 1247. V roce 1285 byl kostel vysvěcen a poté se zde konala svatba Václava II. S Gutou (Juttou) Habsburskou. Kostel patří s jihlavským a tepelským k nejstarším gotickým halovým kostelům v Čechách a na Moravě.V kostele se zachovalo oratorium, které používaly klarisky ze sousedícího kláštera až do výstavby vlastního kostela. Františkáni v klášteře působili až do roku 1951, kdy byli vyhnáni. V roce 1991 byl klášter navrácen církvi. V současné době patří městu. Kostel je používán jako příležitostná koncertní síň, je zpřístupněn i rajský dvůr kláštera, lemovaný ambitem s gotickou křížovou klenbou.
