V roce 1490 se obrátil Kryštof III. z Lichtenštejna na papeže Inocence VIII s prosbou, aby mohl lednický kostel s použitím materiálu ze starého kostela znovu vystavět. V roce 1495 byly stavební práce pozdně gotické svatyně dokončeny. Kostel stál na místě dnešního zámeckého skleníku a byl obklopen hřbitovem.
V roce 1731 chtěli Lichtenštejnové rozšířit zámek i park. Kostel, který už tehdy nebyl v dobrém stavu, jim stál v cestě. Byl proto zbořen a hřbitov zrušen. U zámku byl postaven kostel nový a začal se využívat od roku 1742. Náhrobní kameny z původního kostela byly zazděny do stěn nového kostela.
V polovině 19. století byl zámek i jeho kaple (kostel) přestavěny podle plánů architekta Jiřího (Georga) Wingelmüllera (1810-1848) v novogotickém (windsorském) stylu do dnešní podoby. Kostel byl vysvěcen 5. října 1858 .
